ΠΑΡΕΚΚΛΗΣΙΑ ΕΝΤΟΣ ΤΟΥ ΝΑΟΥ
Εντός του Ιερού Μητροπολιτικού Ναού βρίσκονται πέντε παρεκκλήσια

Στο υπόγειο του Ναού, έχει δημιουργηθεί Παρεκκλήσιο αφιερωμένο στον Άγιο Νικόλαο. Μετά την κατεδάφιση του παλαιού Ναού της Ζωοδόχου Πηγής, κατά τη φάση της θεμελίωσης του νέου Ναού, δημιουργήθηκε υπόγειος χώρος, που διαμορθώθηκε σε παρεκκλήσιο και λειτουργούσε μέχρι την ολοκλήρωση του Ναού. Μετά την ολοκλήρωση και τα εγκαίνια του νέου Ναού, το παρεκκλήσιο αφιερώθηκε στον Άγιο Νικόλαο και αποτελεί ένα ιστορικό και πνευματικό σημείο αναφοράς για την ενορία. Σ αυτό τελείται το Ιερό Σαρανταλείτουργο, πραγματοποιούνται οι Κατηχητικές δράσεις και οι Αγιογραφικοί Κύκλοι. Στο Παρεκκλήσιο του Αγίου Νικολάου έχει τοποθετηθεί, αφού συντηρήθηκε, μέρος του τέμπλου του παλαιού Ναού, το οποίο αποτελεί εξαίρετο έργο ξυλογλυπτικής.
Ο Άγιος Νικόλαος γεννήθηκε τον 3ο αιώνα μ.Χ. στα Πάταρα της Λυκίας και υπηρέτησε ως Αρχιεπίσκοπος Μύρων, ξεχωρίζοντας για τη βαθιά του πίστη, τη σπουδαία φιλανθρωπική του δράση και την προστασία των αδυνάτων. Κατά τη διάρκεια της ζωής του φυλακίστηκε για τις χριστιανικές του ιδέες, ενώ έλαβε μέρος και στην Α' Οικουμενική Σύνοδο, υπερασπιζόμενος την Ορθοδοξία. Σήμερα, ο «Άγιος των θαλασσών» τιμάται σε όλο τον κόσμο ως ο κατ' εξοχήν προστάτης των ναυτικών και των παιδιών, με το πνεύμα της προσφοράς του να παραμένει ζωντανό μέσα από τα αμέτρητα θαύματά του.

Στο αριστερό κλίτος του Ιερού Βήματος του Ιερού Ναού υπάρχει Παρεκκλήσιο του Αγίου ενδόξου Ιερομάρτυρα Χαραλάμπους του Θαυματουργού. Η δημιουργία του Παρεκκλησίου, είχε σκοπό να τιμάται ιδιαιτέρως στην ενορία μας η μνήμη του Αγίου Χαραλάμπους, διότι στον Ιερό Ναό φυλάσσεται απότμημα του Ιερού Λειψάνου του Ιερομάρτυρα. Η μνήμη του εορτάζεται ετησίως με Ιερά Αγρυπνία, που τελείται κάθε χρόνο την 9η προς 10η Φεβρουαρίου. Κατά την Ιερά Αγρυπνία και την ημέρα της εορτής του Αγίου το Ιερό Λείψανο τίθεται προς προσκύνηση. Ο Άγιος Χαράλαμπος ήταν ιερέας στη Μαγνησία της Μικράς Ασίας. Τα στοιχεία που υπάρχουν για τη ζωή του είναι λίγα. Υπολογίζεται ότι γεννήθηκε το 89 μ.Χ. Συνελήφθη από τον έπαρχο της Μαγνησίας Λουκιανό, κατά την περίοδο του διωγμού των Χριστιανών (περί το 198 μ.Χ.) που εξαπέλυσε ο αυτοκράτορας Σεπτίμιος Σεβήρος. Βασανίστηκε σκληρά και αποκεφαλίστηκε σε ηλικία 113 ετών (202 μ.Χ.), πιθανώς στην Αντιόχεια του Μαιάνδρου.

Στο δεξιό κλίτος του Ιερού Βήματος του Ναού, έχει δημιουργηθεί Παρεκκλήσιο αφιερωμένο στο Άγιο ένδοξο Ιερομάρτυρα Κοσμά τον Αιτωλό. Ο σκοπός της δημιουργίας του Ιερού Παρεκκλησίου υπήρξε διττός, αφενός μεν να τιμάται ιδιαιτέρως στην ενορία μας η μνήμη του Αγίου, αφετέρου να υπάρχει, εντός της πόλεως του Αγρινίου, ένα Παρεκκλήσιο αφιερωμένο στον σπουδαίο αυτό Άγιο, που έχουμε την ευλογία να κατάγεται από την Αιτωλοακαρνανία. Η μνήμη του Αγίου Κοσμά εορτάζεται στην ενορία μας με Πανηγυρικό Εσπερινό την παραμονή της εορτής του, την 23η Αυγούστου και Πανηγυρική Θεία Λειτουργία την ημέρα της εορτής του, την 24η Αυγούστου. Ο Άγιος Κοσμάς ο Αιτωλός, συχνά αποκαλούμενος και πατρο-Κοσμάς, είναι Ιερομάρτυρας της Ορθοδόξου Εκκλησίας και Εθνομάρτυρας του Γένους. Ο ίδιος αποτέλεσε μία από τις πλέον φωτισμένες προσωπικότητες του Ελληνισμού, που έδρασαν στα χρόνια της Τουρκοκρατίας. Γεννήθηκε, έζησε και μαρτύρησε κατά τον 18ο αιώνα και συνέβαλε σημαντικά σε μία δύσκολη περίοδο για τον ελληνισμό, στη διατήρηση της κοινής Ρωμαίικης Ελληνικής συνειδήσεως, η οποία κινδύνευε, μετά από τριακόσια έτη σκλαβιάς. Ο Κοσμάς, διάγοντας αγώνα για περισσότερα από 20 έτη, στόχο έθεσε την επιμόρφωση του Ελλήνων, την οποία στήριξε με την ίδρυση σχολείων και με τις περίφημες ομιλίες του. Βρήκε μαρτυρικό θάνατο, το 1779, όταν απαγχονίστηκε μετά από εντολή του Τούρκου Πασά Κούρτ.

Στο αριστερό μέρος του γυναικωνίτη του Ιερού Ναού έχει δημιουργηθεί Παρεκκλήσιο αφιερωμένο στους τρείς Νεομάρτυρες Λάμπρο, Θεόδωρο και Ανώνυμο (το Συναξάρι δεν κατάφερε να διασώσει το όνομα του τρίτου Νεομάρτυρα), οι οποίοι μαρτύρησαν στην πόλη του Αγρινίου. Την παραμονή της μνήμης τους, 1η Νοεμβρίου τελείται πανηγυρικός Εσπερινός και την επομένη 2α Νοεμβρίου πανηγυρικός Ορθρος και Θεία Λειτουργία στο Παρεκκλήσιό τους. Οι Άγιοι Τρεις Νεομάρτυρες εν τω Βραχωρίω Αγρινίου, ήταν Πελοποννήσιοι και πραγματεύονταν στα μέρη των Ιωαννίνων, όπου έμαθαν να μιλούν και τα τούρκικα. Το 1786 μ.Χ. αποφάσισαν να γυρίσουν στην πατρίδα τους τον Μωριά. Στο δρόμο, όταν έφτασαν στο Βραχώρι, υπήρχαν φοροεισπράκτορες Τούρκοι, πού εισέπρατταν τον φόρο. Οι τρεις Μάρτυρες για ν' αποφύγουν το χαράτσι τους χαιρέτισαν τούρκικα και πέρασαν ελεύθερα στην πόλη, διότι τους πέρασαν για Τούρκους. Κατόπιν όμως τους ανακάλυψαν, τους συνέλαβαν και τους βασάνισαν για ν' αρνηθούν τον Χριστό. Αυτοί όμως, έμειναν σταθεροί στην πίστη τους και έτσι πήραν το στεφάνι του μαρτυρίου με απαγχονισμό.

Στο δεξιό μέρος του γυναικωνίτη του Ιερού Ναού μας, έχει κατασκευασθεί Παρεκκλήσιο των Νεοφανών Αγίων Μαρτύρων Ραφαήλ, Νικολάου και Ειρήνης. Η μνήμη των Αγίων εορτάζεται ιδιαιτέρως στην ενορία μας με Πανηγυρικό Εσπερινό το απόγευμα της Δευτέρας της Διακαινησίμου και Πανηγυρική Θεία Λειτουργία το πρωί της Τρίτης της Διακαινησίμου. Κατά τις Ιερές Ακολουθίες της πανηγύρεώς τους τίθενται σε προσκύνηση Ιερά Λείψανα των Τριών Αγίων.
Οι Άγιοι Ραφαήλ, Νικόλαος και Ειρήνη συγκαταλέγονται στη χορεία των Νεοφανών Αγίων και μάλιστα εκείνων που μαρτύρησαν σχεδόν αμέσως μετά την άλωση της Κωνσταντινουπόλεως. Σχετικά με τον βίο τους γνωρίζουμε λίγα πράγματα. Οι πρώτες πληροφορίες για την ύπαρξη των Αγίων ιστορούνται με θαυματουργικό και αποκαλυπτικό τρόπο από το έτος 1959 μ.Χ. Από μία ανασκαφή που έγινε στη Θερμή της Λέσβου, ανακαλύφθηκε ο τάφος ενός αγνώστου προσώπου, που όπως αποκαλύφθηκε σε συνεχή οράματα, ανήκε στον Άγιο Ιερομάρτυρα Ραφαήλ, ο οποίος μαρτύρησε μαζί με τον Άγιο Οσιομάρτυρα Νικόλαο και την Αγία Ειρήνη.